Ninja får i oppgave et farlig og risikabelt oppdrag ved å hente eldgamle runesteiner fra den røde samuraien i Ninja Run. Skurkene stjal gjenstander fra et av templene og lederen deres har til hensikt å bruke runene i sine mørke planer. Hjelp helten med å samle steiner ved å hoppe over hindringer.