I Ninja Frog Run må du hjelpe ninjafrosken med å krysse avgrunnen. Foran deg på skjermen vil være synlig for karakteren din som står på kanten av avgrunnen. Foran ham vil man se veien som består av plattformer i forskjellige størrelser, som vil være i avstand fra hverandre. Ved å kontrollere handlingene hans, må du få karakteren til å hoppe fra en plattform til en annen. Dermed vil han bevege seg fremover og vil være ved endepunktet av reisen.