Din oppgave i Flag Puzzle Jam: Collect Flags er å gjenopprette flaggene på hvert nivå. Hvert nye restaurerte flagg vil festes til en flaggstang. Overfør delene av flagget til det horisontale panelet, og derfra vil de flytte til området med flagget, og restaureringen vil begynne i Flag Puzzle Jam: Collect Flags.