Igjen med oss er vår gamle bekjent Ben at han vil møte denne gangen for testen. Det ser ut til at helten vår ikke har et minutt med fred, bare han reddet kjæresten sin, og nå sendte Wilgaax sine fremmede minions til angrepet for å ta tak og drepe Ben. Hjelp Ben vil takle en løsrivelse av inntrengerne og gå gjennom alle ti nivåer i spillet.