I Pokemon Battle Labyrinth vil du lede Pokémonen din gjennom en spesialbygd labyrint der den kan finpusse kampferdighetene sine. Under din veiledning vil Pokémonen bevege seg gjennom labyrinten, overvinne ulike hindringer og feller og samle ulike nyttige gjenstander. Etter å ha møtt motstandere, må du bruke heltens kampferdigheter for å ødelegge ham i kamp. Så snart fienden dør, vil du få poeng i Pokemon Battle Labyrinth-spillet.