I spillet Blob Merge 3D vil du utføre eksperimenter og lage nye typer dråper. Foran deg på skjermen vil du se et spillefelt i den øvre delen hvor dråper av forskjellige farger vil dukke opp. Du kan flytte fra tvers av banen til høyre eller venstre for å slippe disse dråpene ned i den nedre delen av spillefeltet. Du må slå dråper av samme farge inn i hverandre. På denne måten kan du tvinge disse dråpene til å koble seg til. For å motta et nytt element vil du få poeng i Blob Merge 3D-spillet.