Knapper er en vanlig kontrollmetode i spill, og i Button Puzzle er de de viktigste. På hvert nivå vil settet deres endres nederst på skjermen, og det er minimalt nødvendig. Ved å klikke vil du flytte karakteren slik at han samler blå steiner, og etter det dukker det opp en dør for å gå ut av nivået.