I Mysterious Pirate Jewels 2 må du hjelpe en fyr med å samle sjørøverskatter. Foran deg på skjermen vil du se edelstener i forskjellige farger og former som vil fylle cellene på spillefeltet. Du må inspisere alt veldig nøye og finne steiner med samme form og farge. Nå må du koble dem til en linje med musen. Dermed vil du fjerne steinene fra spillefeltet og for dette vil du få et visst antall poeng i Mysterious Pirate Jewels 2-spillet.