I Ninja Defender må du hjelpe en modig ninja med å stjele en gjenstand fra samurai-tempelet deres. Foran deg på skjermen vil lokalene til templet dukke opp der karakteren din vil befinne seg. Vakter vil streife rundt i templet som du må delta i en duell med. Når du angriper fienden, vil du skyte ham med våpenet ditt. Ved å skyte nøyaktig vil du ødelegge motstanderne dine og få poeng for det. Du må også samle gjenstander som vil bli spredt rundt i rommet. For dem vil du få poeng i Ninja Defender-spillet.