En liten morsom valp har fått evnen til å fly. Helten vår bestemte seg for å teste den nye evnen hans, og du i spillet Flap Jack vil hjelpe ham med dette. Valpen din vil være synlig på skjermen foran deg, som vil fly fremover i en viss høyde og gradvis øke hastigheten. På hans vei vil det dukke opp hindringer der små passasjer vil være synlige. Hvis du behendig kontrollerer karakteren din, må du sørge for at valpen flyr gjennom hindringer og ikke kolliderer med dem. På veien vil han kunne samle gjenstander som henger i luften i forskjellige høyder.