Puzzle 2048 vil endre seg mye i 2048 Run 3D. I stedet for fliser vil du kontrollere en ball med numeriske verdier tegnet på den. Han vil endre farge og verdi i bevegelsesprosessen, og for dette må han kollidere med baller av samme farge og nummer. Oppgaven er å komme i mål med ballen med maksimalt antall på siden.