En hær av monstre invaderte kongeriket til de små vednissene. I Fruit Legions: Monsters Siege vil du lede forsvaret av kongeriket. Ved hjelp av en spesiell verktøykasse må du dyrke spesielle militærblomster. Etter det må du undersøke veien som hæren av monstre beveger seg langs. Langs den på strategisk viktige steder må du plassere disse blomstene. Så snart monstrene dukker opp, vil blomstene dine aktiveres og begynne å skyte mot dem. Ved å ødelegge monstre vil du motta poeng. Etter å ha samlet en viss mengde av dem, kan du dyrke nye, kraftigere blomster.