En boblesky har dukket opp over Mario -verdenen. Ingen tok hensyn til henne, men forgjeves. Hun økte plutselig i størrelse, sank til bakken og fanget alle innbyggerne i verden. Bare Mario klarte å unnslippe fangst. Hjelp ham i Super Mario Bubble Skyt fri alle innbyggerne og til og med de som er fiendtlige mot ham.